南華大學由創辦人星雲大師擔任董事長,透過百萬人興學而設立,董事會之組成 符合利害關係人之期待,也廣納社會賢達人士。董事會是本校最高治理單位以及重大決策的中心,其職責包括任命與監督本校管理階層、監督經營績效、防制利益衝突、引導本校經營符合利害關係人的期望、確保遵循各種法令章程之規定。
本校董事會由 9 人組成,設董事長及副董事長各 1 名,董事會成員均具有相當豐富的教育事業或非營利組織的經營經驗,每年定期開會,以討論本校經營方針。
本校加入「中華民國私立大學校院協進會」、「財團法人佛光山文教基金會」、「佛 光山聯合大學系統」、「彰雲嘉大學校院聯盟」、「中華工程教育學會」(Institute of Engineering Education Taiwan)等全國性組織/國際性組織。