本校由星雲大師訂立「慧道中流」為本校校訓,據此訂出發展方向:
•     目標與願景   生命價值的提升與永續發展
•     教育理念       以生命力帶動生命力,以學習力促進就業力
•     基本定位       具有宗教人文精神與公益公義取向的優質教學型大學
•     核心能力       專業知能、自覺學習、實務應用、 溝通合作、社會關懷、身心康寧

2012年8月釋慧開任本校代理校長,2013年1月,林聰明任本校校長,為本校開創新局面。林校長就任後,提出「嶄新南華、獎優扶弱、追求卓越、邁向國際」十六字方針,重新定調本校辦學方向。本校定位為「邁向一所深具宗教人文理念的、具公益與公義精神的優質教學型大學」。不只是學術研究,也不只是培訓技術,而是以「生命本質蛻變與成長」作為大學辦學的核心價值。

嶄新南華 創新新局 首先,透過一連串措施,努力改進軟硬體設備、提升生活機能、扭轉形象及拓展生源,以全力打造一個嶄新南華作為主要號召;提供自助式的素食餐飲服務,供應午餐及晚餐,並推出「健康蔬食30元吃到飽」(三十齋)。透過蔬食的推廣讓學子懂得惜福感恩、不浪費食物,進而懂得身體力行愛地球。

獎優扶弱 國立收費 為實現公益與公義大學之理想,推動獎優扶弱措施,讓優秀學生享有一定的優待,讓弱勢學生獲得一定的保障與輔導。為全面實現公益與公義大學的理想,自103學年度入學新生,將採取全面公立大學收費的優惠制度,弱勢者或成績優異者,則另有獎學金的優惠。

追求卓越 國立品質 為提升學生的生命力、學習力與就業力,積極推動追求卓越各項措施,爭取教卓計畫,終獲教育部本肯定為「教學卓越大學」,102-103年共獲得6000萬元的補助。

邁向國際 海外學習 本校積極推動建立「四校一體」--「佛光山聯合大學系統」(台灣南華大學、佛光大學、美國西來大學、澳洲南天大學),此為全國第一所跨國際聯合大學系統,未來大學部學生可前往西來大學南天大學及光明大學修讀「2+2」學位課程,同時獲得兩所學校的學位。以提升學生國際移動能力與國際競爭力。

本校獨特的教育使命:以中後段學生為目標,透過「以生命力帶動生命力」的原則,亦即「老師將生命力量灌注於教育歷程之中,以帶動學生將生命力貫注於學習歷程之中」,進而把每個學生的品格、視野與能力全面提升起來,而成為安身立命服務人群的現代公民。此發展方向切合利害關係人的重大考量面,也朝向公益與公義大學的方向邁進。